KASP-基于已知SNP的高通量基因分型

智能化紙張拉力試驗機600噸臥式拉力機熱力學模擬試驗機鋼丸歐文壽命試驗機HP115試驗機銅芯鋁絞線拉力試驗機

KASP-基于已知SNP的高通量基因分型

一、什么是SNP？

SNP，即單核苷酸多態性，是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異而引起的一種DNA序列多態性。

SNP研究具有廣泛意義，在農業領域中，可以進行性狀基因的精細定位、分子輔助育種、種子資源鑒定等；在醫學領域中，則主要是疾病的分子遺傳機制研究、疾病基因定位、藥物敏感或疾病易感性位點篩選等。

二、SNP研究內容有哪些？

SNP的研究主要分為SNP的發現及SNP的基因分型。

SNP的發現是應用的基礎，需要在一定數量樣本的全基因組范圍內，經過統計學分析得到少量可能與疾病或性狀關聯的SNPs。這時基因芯片或NGS（Next Generation Sequencing，第二代測序技術）技術在單個樣品的大量SNP檢測中具有優勢。

SNP的基因分型是應用的技術手段。這一過程需要檢測大量樣本的少量SNPs，而基因芯片或NGS技術則由于其高成本不太適和此階段的研究。KASP（Kompetitive Allele Specific PCR，競爭性等位基因特異性PCR）因其經濟靈活的特點，作為國際上主流SNP檢測方法之一，替代傳統的高通量測序，在SNP分型研究中發揮重要作用。

三、KASP技術原理

便宜而準確的基因SNP分型方法一直是遺傳學家追求的手段。KASP方法利用通用熒光探針，就可以通過簡單的touch-down PCR的方法實現SNP分型。

圖 1

1、含有SNP的單位基因-1和單位基因-2作為模板；針對等位基因SNP位點設計的兩個正向引物和一個通用反向引物；每條正向引物尾部有特異性序列，可與熒光標記結合。（圖1）

圖 2

2、第一輪PCR，能夠和模板互補的正向引物得到延伸，無法和模板互補的正向引物無法延伸；第二輪PCR，正向引物互補的特異性序列得以延伸，這步完成把通用標簽序列引入與SNP對應的PCR產物。（圖2）

圖 3

3、隨著PCR循環數增加，擴增子數量呈指數增長，熒光探針更多地退火到新合成的互補鏈上，發出熒光。不同顏色熒光即反映不同SNP類型，使用酶標儀對實驗結果進行檢測就能夠達到我們的終實驗目的。（圖3）

四、KASP檢測的意義

作為一項靈活、經濟、準確的SNP檢測方法，KASP被廣泛應用于各個領域。常規科研客戶通量并沒有想象中的高，96、384即可滿足需求。因此KASP技術結合酶標儀使用完全可以滿足絕大多數客戶需求。農業方向，KASP有利于篩選出動、植物有利性狀控制基因，并指導后續品種改良，也有利于對已改良品種進行基因驗證。醫學方面，KASP可用于先天性疾病篩查以及癌癥治療過程中的藥物毒性反應、藥物敏感性反應預測。

圖 4

鞋子耐折試驗機lbyv數顯拉拔試驗機汽車電線耐刮磨試驗機紙袋耐磨試驗機紗布拉力機鋁絲扭轉試驗機成品鞋耐彎曲試驗機皮革伸縮試驗機